En 1964, à l’institution Saint-Nicolas, un établissement catholique du Bronx où sont scolarisés les enfants d’origine italienne et irlandaise du quartier, le père Flynn s'efforce d'assouplir les règles défendues par sœur Aloysius, qui mène l'établissement d'une main de fer. Lorsque la jeune sœur James, professeure d'histoire, confie à celle-ci ses soupçons concernant l'intérêt un peu trop marqué du père Flynn pour Donald Miller, le seul élève d’origine afro-américaine de l'école, la directrice se lance dans une croisade afin de faire renvoyer le prêtre. 
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