Plus de 94% de la population appartient à l'Eglise Apostolique Arménienne, une église indépendante des autres églises chrétiennes. A sa tête le Catholicos, qui réside à Echmiadzin, près d'Erevan, capitale de l'Arménie. C'est vers le milieu du 1er siècle que deux apôtres de Jésus, Saint Thaddeus (St Jude, ""celui qui n'est pas l'Iscariote") et Saint Barthelemy, introduisent le Christianisme en Arménie (d'où le nom d'Apostilique – qui vient des apôtres). Les persécutions répétées auraient pu avoir raison de la croissance rapide de la nouvelle religion, mais le Christianisme est déclaré religion d'Etat en 301 après J.C., ce qui fait de l'Arménie la première nation au monde à adopter le christianisme comme religion d'Etat. Rappelons à ce titre que l'appellation exacte de l'Eglise Apostolique Arménienne est "Haïasdaniaytz Yegueghetzi" qui signifie : l'Eglise des Arméniens.
L'adoption du christianisme comme religion d'Etat est en grande partie dûe aux efforts de Saint Grégoire l'Illuminateur. Issu de la noblesse, il convertit le Roi d'Arménie Tiridates, entraînant la conversion rapide et massive de la population. En 303 après J.C., Saint Grégoire construisit une cathédrale dans la ville de Vagharshapat, la nommant Echmiadzin. En 451, lors de la bataille d'Avaraïr contre la Perse Sassanide, les Arméniens devaient défendre leur foi, ce qui en fit la première bataille que l'Histoire a reconnu comme combat pour la liberté de conscience.
Autonome par rapport à Césarée dès 374, l'Église d'Arménie ne se sépara de la Grande Église qu'au Ve siècle, en rejoignant l'opposition au concile de Chalcédoine (451). Opposition portant essentiellement sur la dualité de la nature du Christ (divine et terrestre). De ce fait, cette Église indépendante n'est en communion qu'avec les autres Églises non chalcédoniennes (copte, éthiopienne, syrienne d'Antioche et de l'Inde du Sud), mais non avec les Églises catholique et orthodoxe. Elle s'engage peu à peu dans la voie monophysite (ceux croyant que les natures humaines et divines du Christ constituent une unité) lors des synodes de Vakarsapat en 482 et surtout de Dwin en 551.
Bien que l'Église Arménienne Apostolique soit souvent identifiée aux Eglises Orientales Orthodoxes de l'Europe de l'Est (la Russie et la Géorgie), l'Eglise arménienne est juridiquement et théologiquement indépendante depuis le début de Moyen Age. Comme Eglise nationale, elle a joué un rôle essentiel dans le maintien de la culture arménienne, par la conservation et la diffusion des traditions écrites et comme un des centres culturels pour la diaspora.
Durant les longues périodes pendant lesquelles les arméniens étaient sous des tutelles étrangères, l'Eglise jouait un important rôle spirituel et politique. L'Empire Ottoman reconnaissait les patriarches de Constantinople comme chefs de la communauté arménienne et l'Empire Russe traitait avec le Catholicos, chef nominal de l'Église Arménienne Apostolique..
La pression soviétique a mis à mal l'activité spirituelle en Arménie. Cependant depuis la chute de l'URSS, l'Arménie connaît un vigoureux regain spirituel et l'Eglise Apostolique Arménienne a retrouvé son rôle traditionnel de "foi nationale" des Arméniens.
Aujourd'hui, Etchmiadzin est le siège spirituel de 7 millions d'arméniens vivant en Arménie ou dans la diaspora. L'Église Arménienne Apostolique est dirigée par Karekine II, Catholicos suprême de tous les arméniens.